自2016年1月1日起，推行了研发费加计扣除新政，对企业享受研发费加计扣除的研发项目税务机关与企业存在异议的，解决路径进行了调整，由企业承担举证责任变为税务机关承担举证责任，举证形式为提请科技部门鉴定，并对处置的相关问题进行了明确。

一、研发项目异议的举证责任演变

1.在2016年1月1日之前的举证责任

根据《国税发〔2008〕116号》第十三条规定，主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。因此，在2016年1月1日之前，对于研发项目税企双方存在争议的，由企业承担举证责任，向科技部门提请鉴定，并按鉴定结论处理。企业如果不能提供符合规定条件的鉴定结论，则税务机关可以直接不允许企业享受加计扣除政策。

2.在2016年1月1日之后的举证责任

根据《财政部、国家税务总局、科学技术部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号）第五条第3项规定，税务机关对企业享受加计扣除优惠的研发项目有异议的，可以转请地市级（含）以上科技行政主管部门出具鉴定意见，科技部门应及时回复意见。因此，2016年1月1日起，对于研发项目税企双方存在争议的，由税务机关承担举证责任，向科技部门提请鉴定，并按鉴定结论处理。如果税务机关不能按照规定获得科技部门技术鉴定，不能明确判定研发项目不符合享受加计扣除政策条件，则税务机关不得剥夺企业享受的权利。

二、发生争议后的解决路径

根据《国家税务总局公告2015年第97号》第七规定，税务机关每年汇算清缴期结束后应开展核查，核查面不得低于享受该优惠企业户数的20%。税务部门在事中事后核查中，对企业研发项目有异议的，可按照《科技部、财政部、国家税务总局关于进一步做好企业研发费用加计扣除政策落实工作的通知》（国科发政〔2017〕211号）的有关异议解决规定送科技部门鉴定。

1.税务部门对企业享受加计扣除优惠的研发项目有异议的，由税务机关提请科技部门进行鉴定。税务机关依据鉴定结论对照规定进行处理。

2.鉴定部门的级别要求：（1）所在县（市）不属于由省直接管理的，必须是地市级（含）以上科技部门；（2）所在县（市）属于由省直接管理的，可直接由县级科技部门进行鉴定。税务机关应了解所在县（市）是否属于由省直接管理。

3.提请鉴定的路径：

（1）所在县（市）属于由省直接管理的，可直接将项目资料送县级科技部门进行鉴定。

（2）所在县（市）不属于由省直接管理的，应将项目资料通过所在县（市）科技部门向地市级（含）以上科技部门进行鉴定，不是直接越级提请鉴定。

（3）税务机关对于地市级科技部门的鉴定意见有异议的，可转请省级人民政府科技行政管理部门出具鉴定意见。